Агенцията, която е правоприемник на Изпълнителна агенция „Медицински одит“ и Изпълнителна агенция по трансплантация, осъществява:
-проверки за съответствието на структурата, управлението, дейността и организацията на медицинската помощ в лечебните заведения с изискванията на Закона за лечебните заведения, Закона за здравето, Закона за трансплантация на органи, тъкани и клетки и подзаконовите нормативни актове по тяхното прилагане;
-проверки за спазването на правата на пациентите в лечебните заведения, както и проверки по молби на граждани и юридически лица свързани с оказаната им медицинска помощ;
-проверки за спазването на утвърдените медицински стандарти в лечебните заведения, както и контрол върху качеството на оказаната медицинска помощ в съответствие с утвърдените медицински стандарти;
-проверки за спазването на утвърдените с наредба на министъра на здравеопазването стандарти за финансова дейност от държавните и общинските лечебни заведения за болнична помощ и комплексните онкологични центрове;
